反渗透纯水系统的运行成本包括多个方面，总体成本高低因系统规模、使用频率、当地物价等因素而异。
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能源成本
- 水泵能耗：反渗透系统中的原水泵、高压泵等设备是主要的耗能部件。高压泵需要提供足够的压力来克服渗透压，使水通过反渗透膜。例如，一个中型规模的反渗透纯水系统（产水量在 5 - 10 立方米 / 小时），高压泵功率可能在 5 - 10 千瓦左右。如果按照工业用电价格（假设每度电 0.8 - 1.2 元），每天运行 8 - 10 小时，能源成本较为可观。而且，系统的启动和停止也会消耗一定的电能，频繁启停会增加这部分成本。
- 其他设备能耗：除了水泵，预处理部分的多介质过滤器、活性炭过滤器等设备在反冲洗时也需要消耗电能，用于驱动反冲洗水泵。另外，后处理部分如紫外线杀菌器等设备的运行也会产生一定的能耗。
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耗材成本
- 反渗透膜更换：反渗透膜是系统的核心部件，其使用寿命有限。一般来说，优质的反渗透膜在正常使用条件下（进水水质良好、操作压力和温度合适、定期清洗维护）可以使用 2 - 3 年，但如果进水水质差或者运行条件恶劣，膜的寿命可能会缩短到 1 - 1.5 年。一张 8040 型号的反渗透膜价格在 2000 - 3000 元左右，对于一个大型的纯水系统，可能需要多组膜组件，这部分的更换成本较高。
- 滤芯更换：预处理部分的多介质过滤器需要定期更换石英砂和无烟煤等过滤介质，活性炭过滤器需要更换活性炭，保安过滤器需要更换滤芯（如 5μm 聚丙烯熔喷滤芯）。这些滤芯和过滤介质的更换周期根据进水水质和处理水量的不同而不同，一般在 3 - 6 个月左右。以保安过滤器滤芯为例，每个滤芯价格在 50 - 100 元左右，对于频繁使用的系统，这也是一笔不小的开支。
- 化学药剂费用：为了防止反渗透膜结垢、微生物滋生和去除水中的污染物，需要使用各种化学药剂。例如，在预处理阶段可能需要添加絮凝剂来沉淀水中的悬浮物，在反渗透膜清洗时需要使用酸性或碱性清洗剂。这些化学药剂的成本因种类、质量和用量而异，而且还需要考虑储存和安全处理这些药剂的费用。
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维护成本
- 设备维护人工费用：定期对系统进行检查、维护和维修需要专业的技术人员。这些人员的工资、福利以及培训费用都需要计入运行成本。例如，对一个复杂的反渗透纯水系统进行一次全面的维护检查，可能需要 2 - 3 名技术人员花费 1 - 2 天的时间，人工成本较高。
- 设备维修和零部件更换：除了定期更换耗材外，系统中的水泵、阀门、仪表等设备可能会出现故障，需要进行维修或更换零部件。这些零部件的价格因品牌、型号和质量而异，而且一些特殊的零部件可能需要较长的采购周期，这也会增加维修成本。
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水成本
- 原水费用：如果原水是自来水，需要支付水费。而且，在反渗透过程中，会产生一定比例的浓水（废水），这部分水虽然可以进行一些回收利用，但如果无法有效利用，也相当于增加了原水的成本。一般来说，反渗透系统的废水率在 20% - 50% 左右，即每生产 1 立方米的纯水，可能会产生 0.2 - 0.5 立方米的废水。如果原水价格较高，这部分成本就会比较突出。
虽然反渗透纯水系统运行成本涉及多个方面，但通过优化系统设计（如提高回收率、选用节能设备）、合理选择耗材和化学药剂、加强维护管理等措施，可以在一定程度上降低运行成本。