市场上的超纯水机一般产水量是每小时5升到30升不等，20升以上的超纯水机是非标准机型，用户可以根据实际用水量选择超纯水机的规格，一般遵循2倍关系的原则。如果用户的用水量是每天20升，那么选用每小时10升的超纯水机，选用规格太小，超纯水机的耗材也会很快，而规格太大又会造成浪费，因此选用合适的实验室超纯水机显得非常重要，主要从以下几点进行选择。
一、用水水质
国家实验室标准用水有一级水、二级水、三级水三种水质，但大多数实验室用两种水质即可，一种是三级水，如蒸馏水，用于玻璃器皿的清洗等。二是一级水，主要用于化学分析或者液相、原子吸收等精密仪器分析。客户应根据实际水质需求来选用超纯水机的档次。以自来水为水源的超纯水机都具有两个(两种水质)的出水口，一是纯水，二是三级水。二是一级水，即超纯水(严格意义上讲一级水的电阻大于10兆欧，而超纯水的电阻大于18兆欧)。多数客户对自己的水质需求并不清楚，国家相关部门虽然有各种水质标准，但是对具体的实验项目或仪器分析用水没有完整的量化指标，往往在选购好超纯水机之后才发现水质不达标。根据经验，可以遵循以下几个选购原则，相对应即可。
1、实验内容
实验分无机实验和有机实验，无机实验只需电阻大于18兆欧的水质就行，而有机实验则通常要去除水中的有机物质，所以除了电阻大于18兆欧以外，还需要总有机碳的指标。如果是生物方面的实验，在要去除水中的细菌。
2、仪器种类
客户可以根据使用的仪器种类来选择超纯水机。液相用水的电阻大于18兆欧，并且要去除有机物，原子吸收、原子荧光及环境监测仪器用水大于18兆欧就行，PCR等生命科学仪器用水除了电阻大于18兆欧以外，还需除菌，除有机物，除热源。
3、目前用水来源
如果客户目前的用水是合格的，也可以将该纯水的来源方式告知超纯水机厂商，其技术人员会根据该情况来推荐相应的规格型号。
以上三种原则是根据实际的应用经验得来的，可以参考，但是最准确的型号选择还是尽量提供详细的水质参数，如电阻、微量元素、细菌、总有机碳水平等。
二、原水水质
客户在选购超纯水机时一定要向厂商提供原水的水质状况，比如泥沙多，硬度高，地下水等情况，超纯水机的工艺是根据原水水质的好坏来确定的，泥沙多，要添加预处理装置，硬度高，要添加软化装置，含盐量高，要采用二级反渗透工艺等。如果选用以纯水为水源的超纯水机，则只需要提供水质需求和用水量就可以了。